Al fin encontré un buen programa para cortar canciones para Linux.
Se llama mp3splt, y su principal funcionalidad es como bien dice el titulo cortar canciones en formato MP3 y OGG.
Tal vez la interfaz gráfica puede ser un poco mejor, pero el programa a mejorado bastante desde su versión 0.2 a esta 0.5.
Las formas de cortar canciones que tiene son muy variadas.
Cortar una parte del inicio o del final.
Recortar una parte que no te guste, cortar por tiempo.
En resumen hace lo que cualquier programa que corta o edita música.
Para mas info pueden ir a la página web del autor.
Disponible para:
Debian
Slackware
Redhat / Fedora
MacOS
Windows.