No conozco mucha gente que tenga mas de una cuenta de google analytics, mas que nada por que en una sola cuenta se pueden tener infinidad de páginas web alojadas, y se les puede permitir el acceso a la personas que uno quiera que vean la información de la web, y comparar los datos es bastante fácil, pero siempre hay excepciones.
Trakkboard.es es una aplicación que permite comparar varias cuentas de analytics, y darles una gestión mas precisa, permite comparar datos de visitas, páginas vistas y todo ese rollo que tienen analytics.
Lo mejor de todo es que se puede acceder a todos los datos desde el escritorio sin problema alguno.
La aplicación esta disponible en varios idiomas incluido el español así que no tendrán problemas, y es completamente gratis.